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Text File  |  1995-03-04  |  2.6 KB  |  53 lines
  1. ****************************************************************
  2. * Fibrinogen beta and gamma chains C-terminal domain signature *
  3. ****************************************************************
  4.  
  5. Fibrinogen [1], the  principal protein of  vertebrate  blood  clotting  is  an
  6. hexamer containing two  sets  of  three  different  chains  (alpha,  beta, and
  7. gamma), linked to  each  other by  disulfide bonds. The N-terminal sections of
  8. these three chains are  evolutionary  related  and  contain the cysteines that
  9. participate in   the  cross-linking  of  the  chains.  However,  there  is  no
  10. similarity between the C-terminal part of the alpha chain and that of the beta
  11. and gamma chains.  The C-terminal  part of the beta and gamma  chains  forms a
  12. domain of   about   270   amino-acid  residues.  As  shown  in  the  schematic
  13. representation this domain contains four  conserved  cysteines involved in two
  14. disulfide bonds.
  15.  
  16.                                                            *****
  17.   xxxxxxCxxxxxxxxxxxxCxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCxxxxxCxxxxxxxxxxxxx
  18.         |            |                                 |     |
  19.         +------------+                                 +-----+
  20.  
  21. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  22. '*': position of the pattern.
  23.  
  24. Such a domain has been recently found [2,3] in other proteins which are listed
  25. below.
  26.  
  27.  - Two sea cucumber  fibrinogen-like proteins (FReP-A and FReP-B).  These  are
  28.    proteins, of  about  260 amino acids, which have a fibrinogen beta/gamma C-
  29.    terminal domain.
  30.  - In the C-terminus of  Drosophila  protein scabrous (gene sca).  Scabrous is
  31.    involved in the regulation of neurogenesis in Drosophila and may  encode  a
  32.    lateral inhibitor of R8 cells differentiation.
  33.  - In the C-terminus  of  a  mammalian  T-cell  specific  protein  of  unknown
  34.    function.
  35.  - In the C-terminus  of a  human protein of unknown function which is encoded
  36.    on the  opposite  strand of the steroid 21-hydroxylase/complement component
  37.    C4 gene locus.
  38.  
  39. The function of this domain  is  not  yet known, but it has been suggested [2]
  40. that it could be  involved  in protein-protein interactions.  As  a  signature
  41. pattern for this domain, we selected the region around the fourth cysteine.
  42.  
  43. -Consensus pattern: W-W-[LIVMFYW]-x(2)-C-x(2)-[SGSA]-x(2)-N-G
  44.                     [C is involved in a disulfide bond]
  45. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  46. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  47. -Last update: December 1991 / First entry.
  48.  
  49. [ 1] Doolittle R.F.
  50.      Annu. Rev. Biochem. 53:195-229(1984).
  51. [ 2] Xu X., Doolittle R.F.
  52.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87:2097-2101(1990).
  53.